痛みの感覚は、脊髄を通って脳に伝達されます。推拿により経穴（ツボ）に刺激を与えると、脊髄が痛みを伝えるのをブロックする効果があります。痛みを伝える門を閉ざすという意味から、この働きはゲートコントロール理論と呼ばれています。

脳幹部には、痛みをつかさどる中枢がありますが、推拿を行うとエンドルフィンという痛みを抑制する作用を持った物質が分泌されるため、神経や筋肉の痛みやこわばり、コリなどを鎮める効果があります。